Bioetanol z plonów, produkt fermentacji materii organicznej. Powstająca mieszanka wody z alkoholem musi zostać poddana destylacji, by uzyskać czysty etanol. Stanowi to energożerny krok, będący podstawowym czynnikiem decydującym o ostatecznym balansie energetycznym bioetanolu. Gdy bioetanol produkowany jest z ziaren, energia potrzeba do destylacji pochodzi głównie z paliw kopalnych, znacznie pogarszając EROEI i bilans emisji gazów cieplarnianych. Produkując etanol z trzciny cukrowej, jak
ma to miejsce w Brazylii, ciepło do destylacji otrzymuje się z resztek pozostałych po ekstrakcji cukru z trzciny, tym samym polepszając bilans. Samochody o silnikach benzynowych mogą korzystać z mieszanek 5% bioetanolu bez konieczności dopasowania rozwiązań technicznych silnika.
Według badania World Watch "Biofuels for Transportation" z 2006 roku, etanol stanowi obecnie ok. 90% produkcji biopaliw.
Biodiesel jest chemicznie przekształconym olejem roślinnym. Produkowany jest bezpośrednio z oleju roślinnego poprzez dodanie metanolu i wodorotlenku sodu albo potasu. Reakcja estryfikacji jest stosunkowo prosta i nie wymaga skomplikowanych rozwiązań technologicznych. W porównaniu do etanolu, proces produkcji biodiesla wymaga względnie mało energii (pomijając energię potrzebną do wyprodukowania metanolu). W Europie do jego produkcji używa się głównie rzepaku, w USA soi. Olej palmowy i sojowy być może technicznie nigdy nie spełnią norm europejskich; ich główną wadą jest wysoka temperatura topnienia oleju palmowego (olej krzepnie w wyższych temperaturach i nie może byc używany w niskich) oraz skłonność do oksydacji oleju sojowego. Można też stosować zużyty olej roślinny lub tłuszcz zwierzęcy. Biodiesel, jak sama nazwa
wskazuje, stosuje się w silnikach diesla; w roku 2005 w Unii Europejskiej wyprodukowano 3,1 milionów ton biodiesla.
Olej roślinny stosowany bezpośrednio (bez estryfikacji) nie może być używany w normalnych silnikach diesla, więc jego użycie jest bardzo ograniczone.
