Bakterie metanowe należą do najstarszych organizmów żyjących na ziemi. Powstały przed trzema lub czterema miliardami lat, długo przed tym, jak na ziemi wytworzyła się atmosfera. Z tego powodu bakterie te również dziś są zdane na warunki życia, w których nie występuje tlen. Niektóre z tych bakterii już przy niewielkich ilościach tlenu giną. Często nie da się uniknąć całkowitego wyeliminowania zawartości tlenu w fermentatorze. Powodem tego, że nie od razu można wyhamować działania bakterii metanowych lub całkowicie ich zlikwidować, jest fakt, że żyją one we współpracy z bakteriami z poprzednich etapów. Niektóre z tych bakterii są warunkowo beztlenowe, to znaczy mogą przeżyć zarówno w warunkach aerobowach jak i anaerobowych.
Tak długo, jak doprowadzenie tlenu nie będzie odpowiednio wydajne, bakterie te będą zużywać tlen, zanim zaszkodzi on bakteriom, które żyć mogą tylko w warunkach beztlenowych.