W przypadku odczynu pH, to obowiązują podobne zależności, jak w przypadku temperatury. Bakterie uczestniczące w poszczególnych etapach procesu posiadają różne odczyny pH, zapewniające ich optymalny wzrost. Optymalny odczyn pH bakterii hydrolizujących i kwasotwórczych wynosi od 4,5 do 6,3. Nie są one jednak zdane bezwzględnie na te wartości i mogą przeżyć również przy nieco wyższym odczynie pH.
Wtedy jednak ich aktywność będzie znacznie mniejsza. Inaczej wygląda rzecz w przypadku bakterii produkujących kwas octowy i metan. Odczyn pH musi posiadać dokładnie wartość między 6,8 a 7,5. Jeśli proces fermentacji odbywa się tylko w jednym fermentatorze, to odczyn pH musi być ustalony w tym zakresie.
Niezależnie od tego, czy proces przebiega jedno- lub dwuetapowo, odczyn pH ustawia się przeważnie automatycznie poprzez obecność zasadowych lub kwaśnych produktów przemiany materii, powstających podczas rozkładu beztlenowego. Poniższa reakcja łańcuchowa pokazuje, jak wrażliwa jest ta równowaga.
W normalnym przypadku odczyn pH jest utrzymywany w neutralnym zakresie poprzez wolny dwutlenek węgla. Odczyn pH spada, jeśli wyczerpie się pojemność buforowa obecnego dwutlenku węgla. Aktywność bakterii metanowych uczestniczących w przemianie materii zostaje zahamowana. Ponieważ rozkład metanogenny nie działa teraz odpowiednio sprawnie, dochodzi do skupienia kwasów związanych z fermentacją octową, co powoduje jeszcze większe obniżenie odczynu pH. Następuje zakwaszenie procesu i bakterie przestają wykonywać swoją pracę. Jeśli zauważymy taki spadek odczynu pH, należy natychmiast zatrzymać doprowadzenie podłoża, aby dać bakteriom metanowym czas na rozkład występujących kwasów.
