Naturalnym źródłem metanu są odchody zwierzęce, obornik i gnojowica, dlatego odpady te są dobrym surowcem do produkcji biometanu w biogazowniach rolniczych. W Polsce w latach 80-tych XX w. powstało kilka biogazowni wykorzystujących właśnie odchody zwierzęce do produkcji biogazu. Były to instalacje zrealizowane przez Instytut Budownictwa, Mechanizacji i Elektryfikacji Rolnictwa w Warszawie, o objętości komór fermentacyjnych 25-150 m3. Ich mała wydajność, a także problemy ekonomiczne przedsiębiorstw, w których funkcjonowały, doprowadziły do ich zamknięcia. Te pierwsze krajowe doświadczenia pozwoliły ocenić, że beztlenowa fermentacja samych odchodów zwierzęcych jest nieefektywna ze względu na niskie stężenie substancji organicznej w gnojowicy, dlatego uzasadnione jest uzupełnianie wsadu różnymi substratami (kosubstratami) organicznymi, dostępnymi na lokalnym rynku. Mogą to być odpady z produkcji roślinnej i zwierzęcej, przemysłu spożywczego, a także biomasa z celowych upraw. Zastosowanie kosubstratów umożliwia właściwe obciążenie komory fermentacyjnej, optymalizuje kinetykę procesu fermentacji metanowej poprzez lepszą konfigurację proporcji węgla do azotu, podnosząc jej efektywność i opłacalność ekonomiczną. Podstawową charakterystykę i wartość energetyczną wybranych substratów odpadowych pochodzących z rolnictwa i gałęzi przemysłu przetwarzającego te surowce przedstawia tabela.
Odpady organiczne z produkcji spożywczej: odpady warzyw i owoców, odpady z mleczarni (tłuszcze, serwatka, odpady z zakładowych oczyszczalni), gliceryna, wysłodziny gorzelniane, browarniane i cukrownicze przedstawiają wysoki potencjał energetyczny, są tanim surowcem dla biogazowni gdyż w wielu przypadkach wymagają od ich producentów (np. rzeźni) kosztownej utylizacji. Szczególnie zakłady przetwórstwa spożywczego powinny być zainteresowane zagospodarowaniem odpadów własnej produkcji, które w myśl obowiązujących przepisów muszą być utylizowane jako uciążliwe dla środowiska i ich bezpośrednie składowanie nie jest możliwe. Do takich odpadów należą resztki poubojowe, w tym zawartość żwaczy zwierząt, krew, resztki tłuszczowe, odpady rybne. Zakłady przetwórcze ponoszą znaczne koszty z tytułu ich utylizacji, które to koszty mogłyby istotnie zwiększyć efektywność ekonomiczną biogazowni.
Gałęzią gospodarki, przejawiającą żywe zainteresowanie produkcją biogazu, jest przemysł cukrowniczy. W cukrowniach rozpatrywane są możliwości produkcji biogazu z uciążliwych odpadów (wody z odstojników, osadów z oczyszczania i mycia buraków), ewentualnie produktów ubocznych zagospodarowywanych obecnie przez rolnictwo: melasy i wysłodków. Równocześnie w niektórych cukrowniach, w których proces produkcji został już wstrzymany, lub są one w trakcie likwidacji, prowadzone są prace nad ewentualnym uruchomieniem w nich produkcji biogazu z wykorzystaniem korzeni i liści buraków jako podstawowych surowców. Takie "przestawienie" produkcji pozwoliłoby utrzymać uprawę buraków w kraju, co ma duże znaczenie w kontekście właściwej agrotechniki, zmianowania i zachowania żyzności gleby.
Fermentacja metanowa zalecana jest dla następujących rodzajów odpadów (zgodnie z katalogiem odpadów):
• Odpady z rolnictwa, sadownictwa, upraw hydroponicznych, rybołówstwa, leśnictwa, łowiectwa oraz przetwórstwa żywności:
- osady z mycia, czyszczenia i przygotowywania surowców,
- odpadowa tkanka zwierzęca,
- odpadowa masa roślinna,
- odchody zwierzęce,
- odpady z gospodarki leśnej,
- odpady z upraw hydroponicznych,
- surowce i produkty nieprzydatne do spożycia i przetwórstwa z przemysłu mleczarskiego, piekarniczego, cukrowniczego, z produkcji napojów alkoholowych i bezalkoholowych
- osady z zakładowych oczyszczalni ścieków,
- odpady z destylacji spirytualiów;
• Odpady z przemysłu skórzanego, futrzarskiego i tekstylnego:
- osady z zakładowych oczyszczalni ścieków;
• Partie produktów nieodpowiadające wymaganiom oraz produkty przeterminowane lub nieprzydatne do użytku:
- niektóre odpady organiczne,
- produkty spożywcze przeterminowane lub nieprzydatne do spożycia;
• Odpady komunalne
- odpady z targowisk,
- szlamy ze zbiorników bezodpływowych służących do gromadzenia nieczystości.
Oprócz wymienionych powyżej rodzajów odpadów, do produkcji biogazu można wykorzystać np. te, które obecnie stosowane są jako pasza (np. wysłodki z cukrowni), w przypadku opłacalności takiego zagospodarowania. Powstanie rynku substratów biogazowych w Polsce (a wcześniej oczywiście samych biogazowni), samoistnie ureguluje relacje pomiędzy wykorzystaniem paszowym a energetycznym wybranych odpadów. Nie należy upatrywać w biogazowniach zagrożenia dla podaży pasz, a jedynie jeden z konkurencyjnych kierunków wykorzystania niektórych produktów ubocznych.
Należy pamiętać, że przy obecnym stanie technologii do produkcji biogazu nie nadają się surowce biomasowe o dużej zawartości części trudno rozkładalnych biochemicznie – celuloza i lignina, które bardziej nadają się do spalania niż do fermentacji metanowej.